上海市腫瘤研究所（以下簡稱"腫瘤所"）成立于1958年，屬上海市衛(wèi)生和計劃生育委員會領(lǐng)導(dǎo)的獨立研究機(jī)構(gòu)。1980年經(jīng)世界衛(wèi)生組織（WHO）確認(rèn)為世界衛(wèi)生組織癌癥預(yù)防與控制合作中心。1985年經(jīng)國家計委批準(zhǔn)建立癌基因及相關(guān)基因國家重點實驗室。1996年由國家科委與上海市科委共建基因治療研究中試上?；亍?003年經(jīng)教育部批準(zhǔn)，由上海市衛(wèi)生和計劃生育委員會與上海交通大學(xué)共建上海交通大學(xué)腫瘤研究所。2010年10月29日，上海市衛(wèi)生和計劃生育委員會與上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院共建腫瘤所、仁濟(jì)醫(yī)院與腫瘤所院所合一。
腫瘤所的科研運行機(jī)制是課題組長負(fù)責(zé)制，現(xiàn)有癌基因與相關(guān)基因國家重點實驗室、腫瘤流行病學(xué)研究室，腫瘤功能基因研究組、腫瘤分子病理研究組、腫瘤微環(huán)境研究組、腫瘤表觀遺傳學(xué)研究組、腫瘤生物治療研究組、腫瘤免疫調(diào)節(jié)研究組、腫瘤分子病毒學(xué)研究組、實驗室病理研究組、腫瘤干細(xì)胞研究組、腫瘤靶向治療研究組、神經(jīng)遞質(zhì)與腫瘤微環(huán)境研究組、激素與腫瘤研究組十二課題組以及公共服務(wù)平臺與《腫瘤》編輯部。截止2013年底，共有職工125人，其中科技人員97人，行政管理人員28人。有中國工程院院士3人（含雙聘2人）、終身教授1人。具有高級專業(yè)技術(shù)職稱者25人、中級職稱57人。具有研究生以上學(xué)歷67人（其中博士44人、碩士23人），占全所員工的53.6%。目前共有研究生導(dǎo)師19人（博導(dǎo)11人、碩導(dǎo)8人），在讀研究生84人（博士生37人、碩士生47人）。腫瘤所多次榮獲國家和上海市各級人才計劃，包括國家杰出青年、國家新世紀(jì)百千萬人才工程、教育部新世紀(jì)人才計劃、上海市領(lǐng)軍人才、上海市優(yōu)秀學(xué)科帶頭人、上海市曙光學(xué)者和上海市東方學(xué)者等。腫瘤所招生專業(yè)為腫瘤學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)、為病原生物學(xué)、流行病學(xué)與衛(wèi)生統(tǒng)計學(xué)。
腫瘤所的主要研究方向為開展惡性腫瘤的流行病學(xué)與病因?qū)W研究，腫瘤發(fā)病機(jī)理及基因診斷和基因治療、細(xì)胞及免疫學(xué)診斷和治療等生物高科技研究，探索腫瘤防治的新途徑。癌基因與相關(guān)基因國家重點實驗室研究方向為以肝癌為主要研究對象，研究癌基因、抑癌基因及其它調(diào)控細(xì)胞生長的基因群，以系統(tǒng)生物學(xué)理念與方法研究癌發(fā)生發(fā)展和轉(zhuǎn)移的分子機(jī)理及診斷、防治癌癥的新途徑。已建成非編碼小RNA、腫瘤干細(xì)胞、腫瘤微環(huán)境研究、腫瘤靶向生物治療、腫瘤分子病理、腫瘤免疫調(diào)節(jié)等研究技術(shù)平臺及實驗動物研究平臺，擁有質(zhì)譜分析儀、激光共聚焦顯微鏡、小動物活體成像儀、小動物SPECT等眾多先進(jìn)的科研設(shè)備，向所內(nèi)和有關(guān)單位提供相關(guān)的實驗技術(shù)和條件，并提供實驗動物。?
近年來，腫瘤所的發(fā)展十分迅速。2013年腫瘤所無論在學(xué)科建設(shè)、人才培養(yǎng)、科研成果、轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)還是在科研項目、論文發(fā)表的數(shù)量和質(zhì)量等方面都有了進(jìn)一步顯著的提升和新的突破，研究所的整體科研創(chuàng)新能力和在國內(nèi)外的學(xué)術(shù)著名度不斷得以提升。

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